El 16 de septiembre de 1814, el obispo Manuel Verdugo promulgó un decreto que marcó el inicio de la independencia eclesiástica y administrativa de Santa Lucía de Tirajana. Este decreto respondía a la urgente necesidad de los fieles del Lugarejo y otras localidades vecinas, separándolos de la parroquia de San Bartolomé de Tunte.

El nombre del municipio, según algunos historiadores, se debe al hallazgo de una imagen de Santa Lucía de Siracusa  en territorios que a día de hoy forman parte del municipio.

La decisión se tomó tras los reclamos de los habitantes, agravados por una epidemia en 1813 que dejó sin atención religiosa a algunos fallecidos, lo que generó tensiones y un sentimiento de abandono en la comunidad. Diego Pineda fue designado como el primer párroco, celebrando la misa inaugural el 25 de septiembre de 1814.

Un año después, en 1815, el lugar se constituyó como municipio independiente, consolidando un proceso iniciado en 1803. Para su formación, se tomaron territorios interiores de San Bartolomé de Tirajana y tierras costeras de Agüimes, lo que originó conflictos territoriales con ambos municipios durante las décadas siguientes.

Lejos del buen hacer y la gran convivencia que hoy en día existe entre los municipios del sur y del sureste, Santa Lucía se tuvo que dar codazos con sus vecinos por distintas cuestiones; en 1822 tuvo que hacerlo con San Bartolomé de Tirajana por el cobro de contribuciones y en 1839 con Agüimes por los límites territoriales del municipio.

La iglesia actual, inaugurada en 1916 por el obispo Marquina y joya del casco histórico del municipio, es resultado de múltiples reconstrucciones y esfuerzos comunitarios. Los campesinos recolectaron fondos y trasladaron materiales para su edificación, mientras que la máxima institución de la época en la isla también aportó recursos económicos.